【2026年最新】事業承継・M&A補助金16次公募がスタート！4つの申請枠と10月2日までに準備すべきこと

「そろそろ子どもや従業員に会社を引き継ぎたい」

「後継者がいないので、M&Aによる会社の譲渡を検討している」

「会社を買収したものの、その後の統合作業をどう進めればよいか分からない」

このような中小企業の経営者に、ぜひ確認していただきたいのが、「事業承継・M&A補助金」の16次公募です。

16次公募の公募要領は2026年9月4日に公開され、申請受付は2026年10月2日（金）から11月6日（金）17時までの予定です。

今回の補助金は、単に「M&Aをすれば補助金がもらえる」という制度ではありません。

事業承継、M&Aの専門家費用、M&A後のPMI、廃業・再チャレンジなど、目的に応じて申請する枠が異なります。

そこで今回は、事業承継・M&A補助金16次公募について、経営者の方が押さえておきたいポイントを分かりやすく解説します。

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事業承継・M&A補助金とは？

事業承継・M&A補助金は、中小企業等による事業承継やM&A、M&A後の経営統合などの取組を支援する制度です。

16次公募では、大きく次の4つの申請枠があります。

重要なのは、「自社が何をしようとしているのか」によって利用を検討する枠が変わるという点です。

① 事業承継促進枠

まず、親族や従業員などへの事業承継を予定している企業が確認したいのが「事業承継促進枠」です。

事業承継を契機として設備投資などを行い、事業の成長や生産性向上につなげていく取組などが対象となります。

たとえば、

• 子どもへ会社を引き継ぐ
• 長年勤務している役員・従業員へ事業を承継する
• 承継に合わせて設備投資を行う
• 承継後を見据えて事業基盤を強化する

といったケースでは、この枠の対象になる可能性があります。

ただし、単に代表者を変更すればよいわけではなく、事業承継の時期や承継計画などについて要件を確認する必要があります。

② 専門家活用枠

M&Aによる会社・事業の売却や買収を検討している場合に、特に確認しておきたいのが「専門家活用枠」です。

M&Aでは、FAやM&A仲介会社、デュー・ディリジェンスなど、さまざまな専門家費用が発生することがあります。

専門家活用枠では、一定の要件を満たすM&Aについて、こうした費用の一部が補助対象となる可能性があります。

16次公募では、買い手支援類型・売り手支援類型のほか、一定の小規模事業者等を対象とした「小規模売り手支援類型」も設けられています。

通常の買い手・売り手支援類型では、事業費について補助上限600万円とされ、一定のDD費用について最大200万円の上乗せが設けられています。

一方、小規模売り手支援類型については、補助上限450万円、補助率2/3となっています。

③ PMI推進枠

M&Aは「会社を買って終わり」ではありません。

むしろ、M&A後に、

• 経営方針をどう統一するか
• 人事制度をどうするか
• 会計システムをどう統合するか
• 業務フローをどう統一するか
• 設備投資をどう進めるか

といった問題が発生します。

こうしたM&A後の統合作業がPMI（Post Merger Integration）です。

16次公募には、このPMIを支援する「PMI推進枠」があります。

「買収まではできたものの、その後の統合が思うように進んでいない」という企業にとっては、確認する価値のある制度です。

なお、専門家活用枠ではM&A後のPMI費用は原則として対象外ですが、一定の場合にはPMI推進枠の「PMI専門家活用類型」との同時申請が可能とされています。

④ 廃業・再チャレンジ枠

事業承継やM&Aを検討しても、すべての会社で譲渡先が見つかるとは限りません。

そこで確認したいのが「廃業・再チャレンジ枠」です。

M&A等による事業の引継ぎが実現しなかった場合などに、既存事業を廃業して新たなチャレンジを行う際の一定の廃業費用を支援する制度です。

対象となり得る経費には、一定の要件のもとで、

• 廃業手続に関する費用
• 在庫の廃棄費用
• 建物・設備等の解体費
• 賃借物件の原状回復費
• リース解約に関する費用
• 移転・移設費用

などがあります。

「会社を閉じるだけの補助金」ではなく、事業承継・M&Aと廃業、さらにその後の再チャレンジまで含めて考えることがポイントです。

16次公募の申請スケジュール

2026年9月24日時点で公表されている主なスケジュールは次のとおりです。

ここで非常に重要なのが、「採択＝すぐに補助対象事業を開始してよい」ではないということです。

最重要！交付決定前に契約・発注しない

補助金で特にトラブルになりやすいのが、契約や発注のタイミングです。

原則として、補助対象経費については、定められた補助事業期間内に契約・発注し、支払いまで完了する必要があります。

つまり、

公募申請 → 採択 → 交付申請 → 交付決定 → 契約・発注

という順番を意識して進めることが非常に重要です。

10月2日の受付開始までに準備しておきたいこと

申請開始日になってから準備するのではなく、今のうちから次の項目を確認しておきましょう。

① どの申請枠に該当するか確認する

まずは、自社の目的を整理します。

• 親族・従業員等への承継 → 事業承継促進枠
• M&Aの売却・買収を進めたい → 専門家活用枠
• M&A後の統合を進めたい → PMI推進枠
• 廃業して新しい事業へ挑戦したい → 廃業・再チャレンジ枠

実際には各枠に細かな要件がありますので、これだけで対象可否を判断せず、公募要領まで確認することが必要です。

② GビズIDプライムを確認する

電子申請ではGビズIDプライムが必要になります。

すでに取得している会社は、ログインできるか、有効期限に問題がないかを確認しておきましょう。

未取得の場合は、申請方法によって発行までの期間が異なるため、早めに手続きを始めることをおすすめします。

③ 決算書など必要資料を準備する

申請する枠によって必要書類は異なります。

決算書や確定申告関係書類、事業計画、M&Aに関する資料など、申請に必要となる資料を早めに整理しておくことが重要です。

④ 契約予定を整理する

補助対象にしたい費用について、すでに契約・発注していないか確認します。

「補助金が使えると思って先に契約する」のではなく、契約時期と補助対象期間を先に確認することが大切です。

税理士としてお伝えしたいこと

事業承継やM&Aでは、補助金だけを見て意思決定することはおすすめできません。

特にM&Aでは、

• 株式譲渡と事業譲渡のどちらを選ぶか
• 譲渡価格をどのように考えるか
• 売却した場合にどの程度税金が発生するか
• 役員退職金をどう組み合わせるか
• 事業承継税制を検討すべきか
• 承継後の資金繰りは問題ないか
• M&A後に十分な利益とキャッシュフローを確保できるか

など、税務・財務面から検討すべきことが数多くあります。

補助金はあくまで事業承継・M&Aを進めるための一つの手段です。

「補助金があるからM&Aをする」のではなく、まず自社にとって最適な承継方法を考え、その実行に使える補助制度がないかを確認する、という順番が重要です。

まとめ｜16次公募は今から準備を

事業承継・M&A補助金16次公募の申請受付は、2026年10月2日から11月6日17時までです。

まずは、

• 自社がどの申請枠に該当する可能性があるか
• GビズIDプライムを利用できる状態か
• 必要書類が揃っているか
• 補助対象にしたい契約を先に締結していないか
• M&A・事業承継全体の資金計画に問題がないか

を確認しておきましょう。

特に事業承継やM&Aは、一度契約を進めてしまうと後から変更することが難しい項目もあります。

補助金だけではなく、税金・資金繰り・会社の将来まで含めて事前にシミュレーションすることが重要です。

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事業承継・M&Aのご相談について

当事務所では、事業承継・M&Aについて、単に税務申告だけを見るのではなく、株価、税負担、資金繰り、承継後の財務状況なども含めて総合的に検討いたします。

「会社を子どもに引き継ぎたい」

「M&Aで会社を売却した場合の手取り額を知りたい」

「会社を買収したいが、財務面に問題がないか確認したい」

「事業承継・M&A補助金が利用できる可能性を確認したい」

といった場合は、お気軽にご相談ください。

当事務所は、単なる申告作業にとどまらず、節税・相続・保険の見直しから、売上アップや経費削減に至るまで、お客様の利益を最大化する「次の一手」を能動的にご提案します。
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一ノ瀬公認会計士・税理士事務所
【超提案型】公認会計士・税理士 一ノ瀨 聡

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参考・出典

本記事は、2026年9月24日時点で公表されている「事業承継・M&A補助金」16次公募の公式情報およびGビズID公式情報を確認し、当事務所が独自に構成・解説したものです。

制度の適用要件や補助対象経費等は申請枠・事業内容によって異なるため、実際に申請する際は最新の公募要領等をご確認ください。