【2027年3月末まで】中小企業の設備投資税制3制度を税理士がわかりやすく解説

機械や業務用ソフトウェアの導入を検討するとき、確認したい制度が3つあります。中小企業投資促進税制、中小企業経営強化税制、先端設備等導入計画による固定資産税の特例です。現行制度の適用期限はいずれも2027年3月31日とされています。

ただし、3制度は軽減する税金も手続きも同じではありません。「設備を買えば自動的に使える」と考えず、投資計画を立てる段階から確認することが大切です。

3つの設備投資税制を比較

※中小企業経営強化税制の建物・建物附属設備には、上表と異なる償却率・税額控除率が適用される区分もあります。個別の設備について確認が必要です。

① 中小企業投資促進税制｜30％の特別償却または7％の税額控除

青色申告を行う一定の中小企業者や個人事業主が、新品の対象設備を取得し、指定された事業に使用した場合に検討できる制度です。

対象設備には、原則として1台または1基160万円以上の機械装置、一定の工具、取得価額70万円以上の一定のソフトウェアなどがあります。税額控除を選択できる事業者は、個人事業主や資本金3,000万円以下の法人などに限られます。

② 中小企業経営強化税制｜優遇は大きいが、計画認定が必要

この制度では、認定を受けた経営力向上計画に記載された対象設備について、即時償却または税額控除を検討できます。一般的な対象設備の税額控除率は、事業者の区分に応じて7％または10％です。

設備には生産性向上設備（A類型）、収益力強化設備（B類型）などの区分があり、それぞれ要件や準備する書類が異なります。工業会等の証明書または経済産業大臣の確認書、経営力向上計画の認定など、必要な手続きの順序を確認してください。

購入を終えてから書類を集めればよい、とは限りません。メーカーへの証明書の依頼や計画申請には時間がかかります。導入予定の設備が決まった段階で、納品日と申請日程を一緒に確認しましょう。

③ 先端設備等導入計画｜対象設備の固定資産税を軽減

3つ目は、対象となる償却資産にかかる固定資産税の特例です。法人税・所得税を対象とする①②とは、軽減する税金が異なります。

現行の制度では、必要な計画認定を受け、賃上げ方針などの要件を満たした場合、対象設備の固定資産税の課税標準が次のように軽減されます。

• 1.5％以上の賃上げ方針を表明：3年間、課税標準を2分の1
• 3.0％以上の賃上げ方針を表明：5年間、課税標準を4分の1

対象設備には、一定額以上の機械装置、測定工具・検査工具、器具備品、建物附属設備があります。一方、ソフトウェアは計画に記載できる場合があっても、この固定資産税特例の対象設備には含まれません。対象となる地域や設備について、設備を導入する市区町村の取扱いも確認が必要です。

計画の申請前には、認定経営革新等支援機関による確認などが必要です。市区町村から計画の認定を受けた後に、対象設備を取得するという順序に注意しましょう。

クリニックが特に注意したい2つの点

医療機器は、見た目や金額だけで「機械装置」と判断しない

国税庁は、超音波診断装置、CTスキャナ、歯科診療用椅子などについて、税務上は「器具及び備品」に当たり、中小企業投資促進税制の対象となる「機械及び装置」には該当しないと説明しています。

中小企業経営強化税制でも、医療保健業を行う事業者が取得する医療機器に当たる器具備品や建物附属設備には、対象外となる規定があります。「高額な診療設備だから即時償却できる」と見込まず、設備ごとに確認してください。

個人開業と医療法人では、使える制度が異なる

先端設備等導入計画について、中小企業庁は医療法人を計画認定の対象外としています。個人で開業する診療所と医療法人とでは、同じ設備を導入しても検討できる制度が異なります。

発注前に確認したい5項目

1. 購入する事業者：個人事業主、株式会社、医療法人など、事業者の形態は何か。
2. 設備の内容：税務上の資産区分、取得価額、使用目的は何か。
3. 導入時期：取得日と実際に事業で使い始める日はいつか。
4. 必要な手続き：証明書・確認書、計画認定、賃上げ表明は必要か。いつまでに行うか。
5. 投資の採算：売上や業務効率への効果、維持費、借入返済を含めても資金繰りに無理はないか。

また、同じ設備について複数の特別償却・税額控除を自由に重ねて適用できるわけではありません。制度を選ぶ際は、適用要件に加え、当期と翌期以降の税負担を試算しましょう。

まとめ｜税制と投資効果を、購入前に一緒に検討する

2027年3月31日は、今回取り上げた3制度の現行の適用期限です。ただし、期限までに発注するだけでは適用を受けられません。設備の取得・事業への使用開始時期や、制度ごとに必要な事前手続きを確認する必要があります。

設備投資は節税額だけで決めるものではありません。導入後に売上や利益がどう変わるか、毎月の返済を続けられるかまで見通して判断しましょう。見積書を取得した段階で相談いただければ、適用できる税制と資金繰りを合わせて検討できます。

参考資料・出典

• 国税庁「中小企業投資促進税制」
• 国税庁「中小企業経営強化税制」
• 中小企業庁「固定資産税の特例」
• 国税庁「医療機器の中小企業投資促進税制の適用について」
• 中小企業庁「中小企業経営強化税制」
• 中小企業庁「先端設備等導入制度による支援」

※本記事は2026年9月26日時点の公表資料に基づいています。個別の適用可否は、設備、事業者、取得時期、自治体の取扱い等を確認して判断してください。

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