【2026年10月から変わる】インボイス制度の改正ポイントを税理士がわかりやすく解説

インボイス制度が始まってから約3年が経過します。

「インボイス登録は済ませたので、もう特に対応することはない」と考えている事業者の方もいらっしゃるかもしれません。

しかし、2026年10月以降、インボイス制度に関する経過措置が次の段階に入ります。

中小企業や個人事業主にとっては、消費税の納税額だけでなく、今後の取引条件や資金繰りにも関係する内容です。

今回は、2026年9月時点の情報をもとに、経営者の方に押さえていただきたいポイントを、税理士の視点からわかりやすく解説します。

1．インボイス未登録先への支払いは、消費税負担が増える可能性があります

まず確認したいのが、インボイスを発行できない事業者との取引です。

消費税の計算では、売上時に預かった消費税から、仕入れや経費の支払い時に負担した消費税を差し引いて納税額を計算するのが基本です。

この差し引く仕組みを「仕入税額控除」といいます。

インボイス制度では、原則として一定の要件を満たしたインボイスの保存が、仕入税額控除を受けるための要件となります。

ただし、制度開始と同時に控除ができなくなると事業者への影響が大きいため、インボイス未登録事業者との取引についても、一定割合を控除できる経過措置が設けられています。

その割合が、2026年10月から変わります。

つまり、同じ取引を続けていても、取引先がインボイス未登録事業者であれば、会社側の消費税負担がこれまでより増える可能性があります。

2．まずは「誰にいくら支払っているか」を確認しましょう

今回の変更に備えて、企業側で最初に行っていただきたいのは、インボイス未登録の取引先を把握することです。

例えば、次のような取引は確認しておきたいところです。

• フリーランスへの業務委託料
• 個人事業主への外注費
• 小規模事業者からの商品仕入れ
• 個人オーナーへの賃料など

重要なのは、単に「登録している・していない」を確認するだけではありません。

インボイス未登録の取引先に、年間いくら支払っているのか

ここまで把握することをおすすめします。

具体例で考えてみましょう

例えば、あるインボイス未登録事業者への支払額に含まれる消費税相当額が、年間100万円だったとします。

このケースでは、単純計算すると、控除できる金額が年間10万円少なくなります。

1社だけなら影響が小さく見えても、外注先や仕入先が多い会社では、合計すると無視できない金額になることがあります。

決算を迎えてから気付くのではなく、事前に影響額を計算しておくことが大切です。

3．経過措置は今後も段階的に縮小します

今回の変更は、2026年10月だけで終わる話ではありません。

インボイス未登録事業者からの仕入れについて認められる仕入税額控除の割合は、今後、段階的に縮小していく予定です。

したがって経営者としては、2026年10月の変更だけを見るのではなく、数年先まで見据えて、取引先との関係や消費税負担を考える必要があります。

4．「2割特例」を利用している方は終了時期を確認

もう一つ大きなポイントが、「2割特例」です。

インボイス制度への対応をきっかけとして、それまで消費税の納税義務がなかった免税事業者が、課税事業者になったケースがあります。

こうした事業者の負担を軽減するために設けられたのが2割特例です。

一定の要件を満たす場合、売上に係る消費税額の20％を納税額として計算することができます。

しかし、この特例は恒久的な制度ではありません。

ここで注意したいのは、2026年10月1日になった瞬間、すべての事業者が一律に利用できなくなるわけではないという点です。

個人事業主と法人では課税期間が異なり、法人の場合には決算月によって、最後に適用できる事業年度が異なります。

そのため、自社・ご自身がいつまで2割特例を利用できるのかを個別に確認する必要があります。

5．一定の個人事業者には「3割特例」が設けられます

2割特例の終了後についても、一定の小規模事業者に配慮した措置が設けられます。

一定の要件を満たす個人事業者については、2027年分と2028年分について、売上に係る消費税額の30％を納税額とする「3割特例」が設けられます。

売上に係る消費税額が100万円の場合

したがって、これまで2割特例を利用していた方にとっては、納税負担が増える可能性があります。

現在2割特例を使っている法人については、特例終了後の消費税負担を早めに試算しておくことをおすすめします。

6．「3割特例を使えば安心」とは限りません

個人事業主の場合でも、3割特例だけを見て判断するのはおすすめできません。

消費税には、実際の仕入れや経費をもとに計算する方法のほか、「簡易課税制度」という計算方法があります。

簡易課税では、事業の種類ごとに定められた「みなし仕入率」を使って納税額を計算します。

どの方法が有利になるのかは、事業内容や経費の構成によって異なります。

さらに、大きな設備投資を予定している場合などには、本則課税を選択した方が有利になるケースも考えられます。

「計算が簡単だから」という理由だけで選ぶのではなく、実際の数字を使って比較することが重要です。

7．税理士としておすすめしたい「改正前のチェック」

今回の制度変更について、経営者や個人事業主の方には、2026年10月を迎える前に、次の項目を確認していただくことをおすすめします。

特に消費税は、制度によっては事前の届出が必要になります。

「決算のときに税理士と相談すればよい」と考えていると、選択したかった制度に間に合わないケースもあります。

そのため、申告直前ではなく、事前に納税額をシミュレーションすることが大切です。

まとめ｜2026年10月の改正は「自社への影響額」で考えましょう

今回のインボイス制度の見直しで重要なのは、制度の内容を覚えることではありません。

経営者にとって本当に大切なのは、

を把握することです。

特に、次のような方は早めの確認をおすすめします。

• インボイス未登録の外注先が多い会社
• 個人事業主との取引が多い会社
• 現在2割特例を利用している事業者
• 簡易課税を検討している事業者

消費税の納税額が増えれば、その分だけ会社から出ていく現金も増えます。

したがって、インボイス制度への対応は単なる「税務処理」の問題ではなく、資金繰りにも関係する経営課題として考える必要があります。

※本記事は2026年9月1日時点で公表されている法令・税制改正資料等をもとに一般的な内容を解説したものです。実際の税務上の取扱いは、事業者の状況や届出状況等によって異なります。