【2026年改正】中小企業技術基盤強化税制｜3年間の繰越控除を税理士が解説

新製品の開発や技術改良に取り組んでいる中小企業の経営者の皆様、研究開発費を活用した節税制度をご存じでしょうか？

研究開発に多額の費用をかけても、利益が少ない年度には法人税の税額控除を十分に活用できないという問題がありました。

そこで注目したいのが、2026年度税制改正による「中小企業技術基盤強化税制」の拡充です。

1．中小企業技術基盤強化税制とは？

中小企業技術基盤強化税制は、中小企業が新製品の開発や技術の改良などに取り組んだ場合、対象となる試験研究費の一定割合を法人税額から直接差し引ける制度です。

通常の経費処理による節税とは異なり、法人税そのものを減らせることが特徴です。

例えば、対象となる研究開発費が1,000万円あり、控除率12％が適用される場合、税額控除の計算上の金額は120万円です。

ただし、実際に控除できる金額には法人税額に応じた上限があります。

2．2026年度税制改正で何が変わった？

今回の改正で特に重要なのが、税額控除を使い切れなかった場合の取扱いです。

控除しきれない税額を3年間繰り越せる制度が創設

従来は、研究開発費に基づいて計算した税額控除額が、その年度の控除上限を超えた場合、超過部分を翌期以降に利用することができませんでした。

改正後は、一定の条件を満たせば、控除上限を超えた部分について翌期以降3年間の繰越しが認められます。

これにより、研究開発を行った年度に法人税額が少なくても、将来の事業年度で税額控除を活用できる可能性が広がりました。

3．どのような中小企業が対象になる？

法人については、青色申告書を提出する中小企業者等が対象です。

中小企業者は基本的に資本金1億円以下の法人ですが、大企業による支配関係などにより対象外となる場合があります。

対象となる研究開発の具体例

ただし、上記の取組みがすべて自動的に対象になるわけではありません。税法上の試験研究の定義を満たすか、個別に判断する必要があります。

4．対象となる研究開発費は？

研究開発税制では、単に会計上「研究開発費」という勘定科目で処理しているだけでは不十分です。

税法上の対象となる試験研究に該当し、費用の内容や研究への関係を説明できることが重要です。

研究担当者の給与についても、研究に少し関わっていれば全額対象になるというわけではありません。

研究業務への専従性や実際の職務内容を確認し、客観的に説明できる資料を整える必要があります。

5．具体例：研究開発費1,000万円、法人税額200万円の場合

ここでは、基本控除率12％、控除上限25％が適用される中小企業を想定します。

この例では、120万円の税額控除額が計算されますが、当期に使えるのは50万円です。

残りの70万円は、改正後の繰越制度により、一定の条件を満たせば翌期以降3年間に活用できる可能性があります。

なお、この計算例は制度の仕組みを説明するための簡略化したものです。実際の控除額は、適用年度の税額控除上限、他の税額控除制度との関係などによって異なります。

6．3年間の繰越控除には重要な条件がある

今回の改正で最も注意したいのは、繰り越した税額控除を将来必ず利用できるわけではないという点です。

繰越税額控除を適用する事業年度では、当期の試験研究費が、比較試験研究費を超えている必要があります。

比較試験研究費は、原則として過去3年間の試験研究費の平均額を基に計算します。

研究開発費が増加している場合

例えば、過去3年間の比較試験研究費が800万円で、当期の試験研究費が1,000万円の場合は、研究開発費の増加要件を満たす可能性があります。

研究開発費が減少している場合

一方、比較試験研究費が1,000万円で、当期の試験研究費が800万円の場合は、研究開発費の増加要件を満たしません。

この場合、その年度は繰越税額控除を利用できません。

ただし、繰越期間内であれば、翌期以降に要件を満たした年度で利用できる可能性があります。

重要なのは、研究開発費を継続的に把握し、3年間の繰越期限と合わせて管理することです。

7．研究開発費が少ない年度でも繰越控除を使える？

研究開発費が前年度より減少していても、必ずしも繰越控除が使えないわけではありません。

判定に用いるのは原則として過去3年間の比較試験研究費であり、単純な前年度比較ではないためです。

この例では前期より研究開発費が減っていますが、過去3年間の平均を上回っています。

したがって、研究開発費の増加という条件については満たす可能性があります。

実際の適用には、税法上の試験研究費の計算や他の要件も確認する必要があります。

8．医療機関・歯科医院にも関係する？

一般的な診療や歯科治療、医療機器の購入だけで、この税制の対象になるわけではありません。

一方、医療関連の新技術や医療機器の開発に取り組む企業などでは、検討する価値があります。

特に、医療機器関連企業やヘルスケア分野の技術開発企業では、研究開発費を通常の事業経費と区分して管理することが重要です。

医療法人などについては、法人形態や税制上の適用要件を個別に確認する必要があります。

9．適用時に間違えやすい5つのポイント

① 研究開発費の全額が税額控除になるわけではない

対象となる試験研究費に控除率を乗じて計算し、さらに法人税額に応じた上限が適用されます。

② 赤字でも現金が還付される制度ではない

税額控除は法人税を軽減する制度です。繰越控除が可能でも、将来の税額や適用要件によっては利用できないことがあります。

③ 3年間の繰越しは無条件ではない

繰越控除を使う年度には、比較試験研究費を上回るなどの要件を満たす必要があります。

④ 他の研究開発税制との重複適用に注意

中小企業技術基盤強化税制と一般試験研究費に係る税額控除制度は、同じ年度に併用できません。設備投資に係る他の税制との重複にも注意が必要です。

⑤ 確定申告時の書類管理が重要

税額控除を受けるためには、申告書への記載と計算明細書の添付が必要です。

繰越控除については、控除を利用しない事業年度も含めて、繰越税額控除限度超過額に関する明細書を継続して添付する必要があります。

10．経営者が今からやるべきこと

• 研究開発費を洗い出す：原材料費、研究担当者の人件費、試験費用、外部委託費などを確認する。
• 研究記録を整理する：研究目的、実験内容、担当者、成果、使用した費用を記録する。
• 過去3年間の研究開発費を集計する：将来の繰越控除の適用可能性を確認する。
• 法人税額を試算する：当期に利用できる控除額と繰越対象額を把握する。
• 申告時の管理を徹底する：繰越額、発生年度、使用額、期限を管理する。

11．税理士として提案したい「次の一手」

研究開発税制は、決算直前に確認するだけでは十分に活用できない可能性があります。

当事務所では、研究開発費の管理と資金繰り・利益計画を一体で考えることが重要だと考えています。

提案① 研究開発費を月次で管理する

通常の製造原価や販売管理費と、税制上の試験研究費を区分して管理します。

会計ソフトの部門管理や補助科目を活用することで、決算時の集計負担を減らすことができます。

提案② 3年間の税額控除繰越管理表を作る

繰越額が発生した年度、残高、使用期限、翌期以降の見込法人税額を一覧化します。

決算時だけでなく、毎月の試算表確認時にも繰越控除の利用可能性を検討する仕組みが有効です。

提案③ 研究開発計画と利益計画を連動させる

研究開発費の増減と、将来の法人税額を見込むことで、繰越控除を使える可能性を事前に確認できます。

ただし、税額控除のためだけに不要な研究開発費を増やすことは合理的ではありません。事業上の必要性と投資効果を優先して判断することが重要です。

提案④ 他の支援制度も合わせて検討する

研究開発に伴う設備投資や人材育成がある場合は、補助金・助成金、設備投資税制などの活用可能性も確認します。

ただし、補助金で補填された研究費の取扱いや、他の税制との重複適用には注意が必要です。

12．まとめ｜研究開発費の管理が将来の節税につながる

2026年度税制改正によって、中小企業技術基盤強化税制は、研究開発に取り組む中小企業にとってさらに活用しやすい制度となりました。

特に、控除上限を超えた税額控除を3年間繰り越せるようになったことは、研究開発に先行投資する企業にとって大きな変更点です。

一方で、繰越控除には研究開発費の増加要件や申告手続などの条件があります。

研究開発費を正しく把握し、将来の利益計画と組み合わせることが、制度を有効に活用するためのポイントです。

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一ノ瀬公認会計士・税理士事務所
【超提案型】公認会計士・税理士 一ノ瀨 聡

参考資料・出典

• 国税庁「No.5444 中小企業技術基盤強化税制」
• 経済産業省「中小企業技術基盤強化税制を強化しました」
• 中小企業庁「中小企業向け研究開発税制」
• 国税庁「令和8年度税制改正のあらまし・研究開発税制の見直し」

※本記事は2026年10月16日時点の公表情報を基に作成しています。実際の適用については、法人の状況、研究開発の内容、適用事業年度等に応じて個別に確認する必要があります。